Phim là câu chuyện về 4 chú rùa con vô tình bị nhiễm dung dịch bùn hóa học đặc biệt khiến chúng bị đột biến thành những chiến binh rùa to lớn, dù vẫn mang hình dạng rùa nhưng có thể đi đứng và nói chuyện như con người. Một vị sư phụ đã nuôi dưỡng và dạy cho 4 chú rùa này võ nghệ để trở thành những người bảo vệ lẽ phải. Bối cảnh là thành phố New York, nơi tội ác ngày càng tràn lan đến mức không thể kiểm soát và người dân hơn lúc nào hết đang mong mỏi sự xuất hiện của những người anh hùng. Đó là khi những chú rùa ninja trỗi dậy từ những đường cống ngầm và thực thi công lý.